Godzina śmierci Pana Jezusa, trzecia po południu, jest czasem uprzywilejowanym w nabożeństwie do Miłosierdzia Bożego. W tej godzinie stajemy w duchu pod krzyżem Chrystusa, by dla zasług Jego męki błagać o miłosierdzie dla siebie i świata. O trzeciej godzinie – mówił Pan Jezus do Siostry Faustyny – błagaj Mojego miłosierdzia, szczególnie dla grzeszników, i choć przez krótki moment zagłębiaj się w Mojej męce, szczególnie w Moim opuszczeniu w chwili konania. Jest to godzina wielkiego miłosierdzia dla świata całego (Dz. 1320). Trzeba tutaj od razu wyjaśnić, że nie chodzi o godzinę zegarową (60 minut), ale o moment konania Jezusa na krzyżu, czyli o modlitwę o godzinie trzeciej po południu.
Pan Jezus nie podał gotowej formuły modlitwy o 15.00, ale powiedział, że można odprawiać Drogę krzyżową, nawiedzić Najświętszy Sakrament, a jeśli na to czas nie pozwala, to w tym miejscu, gdzie nas zastaje trzecia godzina, choć przez krótki moment połączyć się z Nim, konającym na krzyżu.
Przedmiotem tej modlitwy jest tajemnica męki Pańskiej. Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia powinna być skierowana wprost do Jezusa, a w błaganiach należy się odwołać do wartości i zasług Jego bolesnej męki.
Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia jest osobną formą kultu Miłosierdzia Bożego, z którą Jezus związał określoną obietnicę i sposoby jej praktykowania. Nigdzie nie powiedział, że w tej Godzinie trzeba odmawiać Koronkę do Miłosierdzia Bożego. Oczywiście, że o trzeciej możemy odmawiać Koronkę, tak jak o każdej innej godzinie dnia i nocy, ale wtedy nie praktykujemy modlitwy w Godzinie Miłosierdzia (tylko odmawiamy Koronkę). Koronka do Miłosierdzia Bożego nie może być bowiem modlitwą w Godzinie Miłosierdzia, gdyż jest skierowana do Boga Ojca (Ojcze Przedwieczny, ofiaruję Ci…), a modlitwa w Godzinie Miłosierdzia ma być skierowana wprost do Jezusa.
Systematyczna praktyka modlitwy w Godzinie Miłosierdzia wprowadza w osobisty, bezpośredni kontakt z Jezusem, bo każe rozważać Jego miłosierdzie objawione w męce, zwracać się do Niego w sposób bezpośredni, jak do kogoś bardzo bliskiego, i dla zasług Jego męki błagać o potrzebne łaski dla siebie i świata.